À la mort d’Alexandre II, il fut élu Pape et prit le nom de Grégoire VII. Préposé ainsi au gouvernement de la maison de Dieu, il participa à la plénitude du Sacerdoce de Jésus.

À une époque où l’épiscopat, en majeure partie simoniaque, dépendait des princes civils, il travailla avec une telle constance à défendre la liberté de l’Église, que depuis le temps des Apôtres, aucun Pontife, assure-t-on, ne soutint de plus grands travaux pour elle, ou ne lutta plus fortement pour son indépendance.

Pendant qu’il célébrait le Saint Sacrifice, on vit une colombe qui descendait sur lui : l’Esprit-Saint témoignait par ce signe des vues toutes surnaturelles qui le guidaient dans la conduite de l’Église. Contraint de quitter Rome, il mourut à Salerne, en l’an 1085, en prononçant ces paroles, dont les premières sont empruntées au Ps. XLIV : « J’ai aimé la justice et haï l’iniquité : voilà pourquoi je meurs en exil ».